По-голямата част от усложненията в щитовидната и паращитовидната хирургия са свързани или с метаболитни разстройства ,временен или постоянен хипопаратиреоидизъм, или с гласни парализи,най-често на рекурентнния ларингеален нерв, които могат да бъдат временни или постоянни. Хипопаратиреоидизъм е най-честото усложнение след тотална или частична тиреоидектомия, поради непреднамерено отстраняване на паращитовидните жлези или намален приток на кръв към жлезите. При пациенти с постоянен хипопаратиреоидизъм се изисква през целия живот лечение с калций и витамин D, така че това усложнение се счита за сериозно. Преходният (временен) хипопаратиреоидизъм рядко се отразява върху качеството на живот.
Проучванията паказват, че степента на сложност и обемът на хирургичната операция, опитът на хирурга и методиката на изследване и работа, са основните фактори, които са определящи дали може да се стигне до компликацията хипопаратиреоидизъм . Резултатите показват, че по-разширена и по-голяма по обем операция, причинява по-голями исхемични промени в паратироидите. Така, хипопаратиреоидизъм след операцията на щитовидната жлеза вероятно се дължи на намаляване на притока на кръв към паращитовидните жлези с увеличаване на пространството на операцията. В допълнение към това,тъй като паращитовидните жлези могат да бъдат случайно премахнати по време на операция , е задължително своевременно да се автотрансплантират и при всеки пациент да се наблюдава паратиреоидната функция постоперативно.
Подобно на постояния хипопаратироидизъм, нараняването на рекурентнния ларингеален нерв (RLN) или негова парализа имат значителен ефект врху качеството на живот на пациентите. Причините за преходна RLN парализа включват: прекомерна скелетизация (оголване) на нерва;неврит, причинен от съединителна и фиброзна тъкан и миелинска лезия; аксонско нараняване, причинено от прекомерно напрежение; "frigore" или " calore" парализа, термични лезии, причинени от електрокоагулация, вирусен неврит и затруднена ендотрахеална интубация . Пациентите с парализа на гласните нерви трябва да започнат възможно най-рано с логопедична рехабилитация. Тези пациенти се лекуват с гласова терапия, ларингеални процедури за реинервация, ларингопластика с инжектиране на материали като gelfoam, мазнини и колаген, аритеноидна аддукция, или медиализационна ларингопластика с експандиран политетрафлуоретилен. Днес трябва да се акцентира върху интраоперативния неврален мониторинг (IONM) по време на щитовидната и паращитовидната хирургия, който е придобил широко приложение като допълнение към златния стандарт на визуалната идентификация на нерва.
Други усложнения включват: хематом, seroma, хилусна фистула, синдром на Хорнер и нараняване на някои моторни нерви в областта на шията. Колкото по-сложна и голяма е една операция, толкова повече компликации са възможни. Специфични проблеми са свързани с пациенти със злокачествени заболявания, които се нуждаят от операции с голям обем и сложност, както при пациенти с базедова болест и пациенти с рецидивиращи гуши. В хирургично лечение на хипертиреоидизъм, парализата на рекурентнния ларингеален нерв като усложнение може да бъде намалено до по-малко от 1%, докато хипопаратироидизмът все още е сериозен проблем при пациенти с Базедова болест, поради необходимостта от голяма хирургия, в около 2% във всички случаи.
Хирургична резекция е избор на лечение при пациенти с рак на щитовидната жлеза. В един момент, оптимална степен на резекция на щитовидната жлеза и лимфна дисекция стават спорни. Въз основа на степента на заболяването, се избира тотална тиреоидектомия или частична тиреоидектомия. Дисекция на централния компартмент на лимфните възли (CCND), обикновено се извършва с тиреоидектомия за профилактични цели, като се има предвид, че латералната вратна дисекция се извършва само при пациенти, при които метастазите са клинично очевидни. В случаите на фоликуларен рак хемитиреоидектомия обикновено се извършва за минимално инвазивни видове рак, а тотална тиреоидектомия за широко инвазивни видове рак, въпреки че оптималният подход за тези видове рак остава противоречива. При пациенти с медуларен карцином- тотална тиреоидектомия с компартмант -ориентирана дисекция на лимфните възли обикновено се счита за подходяща.
Въпреки, че при разширените резекции се наблюдава повишен процент на преживяемост и намаляване честотата на рецидивите, те могат да бъдат свързани със значително увеличаване на вероятността от усложнения. Дилемата, свързана с хирургични принципи за рак на щитовидната и паращитовидната хирургия включва постигане на правилните онкологични резултати с намаляване на следоперативни усложнения.
С развитието на хирургията на щитовидната жлеза през последните 20 години, значително е намалял броя на усложненията : по-малко от 1% от ларингеален нервна парализа и хипопаратиреоидизам, въпреки че остава повишен риска от хирургични усложнения при пациенти, които се нуждаят от по-голяма операция и тези случаи все още са проблем. Ето защо разбирането на връзката между усложненията и степентта и обема на операцията остава да бъдат от решаващо значение за тиреоидната хирургия.